Để làm nghiêm quân pháp, Gia Cát Lượng hạ lệnh giam Mã Tắc vào ngục đợi ngày xử tử hình. Trước khi bị chém, Mã Tắc viết thư cho Gia Cát Lượng, xin hãy nâng đỡ cho con mình. Tướng sĩ nước Thục đều thương xót ông. Khi bị chém, Mã Tắc mới 39 tuổi.

Sau này Gia Cát Lượng vẫn luôn để ý an ủi, trợ cấp cho gia đình Mã Tắc như lúc ông còn sống. Tưởng Uyển từng thắc mắc Gia Cát Lượng, lẽ ra nên để Mã Tắc sống để có ngày lập công chuộc tội. Gia Cát Lượng nói rằng bản thân mình cũng rất thương xót ông nhưng vì giữ nghiêm mệnh lệnh nên phải thực thi[7].

Về việc Mã Tắc bị xử tử, sử gia Tập Tạc Xỉ không đồng tình với Gia Cát Lượng. Ông dẫn trường hợp vua nước Tấn không giết tướng Tuân Lâm Phủ bại trận nên sau này có ích cho nước, còn Sở Thành vương không biết tài năng của Thành Đắc Thần cũng xử tử vì một trận thua nên sau này thất bại. Sau đó Tập Tạc Xỉ phân tích thêm[7]:

Nước Thục hẻo lãnh một phương, nhân tài vốn ít hơn nước khác mà lại giết kẻ tuấn kiệt, coi minh pháp quan trọng hơn nhân tài... muốn thành đại nghiệp há chẳng phải rất khó sao? Huống hồ Lưu Bị vốn đã nói rằng Mã Tắc không nên trọng dụng, Gia Cát Lượng sau đó vẫn dùng ông, bản thân điều này đã cho thấy Mã Tắc là nhân tài không thể xếp xó, không thể khinh sát

Đồng thời, Tập Tạc Xỉ phê phán Gia Cát Lượng là người điều khiển thiên hạ mà không lượng tài tiết kiệm, trái lời răn của minh chủ, quyết đoán sai lầm, đặt người sai vị trí, giết người hữu ích[8].